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学园都市。
开拓了整个东京西部地区所建立起的超能力者培育都市，面积约东京都的三分之一，总人口将近两百三十万人。八成的居民都是学生，学生的能力可以区分为等级o的无能力到等级5的超能力等六个层级。
在这个城市中所称的超能力并非怪力乱神的灵异之力，这里的超能力是有科学依据的，只要经过一定程度的课程训练，任何人都可以获得。
在这个极度诡异的都市中的某个角落，有一幢学生宿舍，平凡的男高中生上条当麻正待在学生宿舍里，被暑假作业所包围，独自抱着脑袋哀号。
“救命啊！真是畜生！因数分解算哪根葱啊！不过是道数学题竟然有两个答案，真是太臭屁了！”
上条在哀号中将身体往后倒，彷佛想逃离玻璃矮桌上的数学问题集，他真是个只要一遇到难题，就会开始自言自语的怪人。
但就算成功搞定数学，后面也还有现代国文的读书心得及英文的作业本等难关要过，令』7，上条的精神陷入极度窘迫的状态。
“呜呜……”
上条躺在地板上，看了看自己普通的右手，又蹩了蹩自己左手上的蓝灯戒指。
幻想杀手——隐藏于上条右手中的能力，不管是高达十亿伏特的雷击之枪，或是超过三千度的火焰，只要是属于异能之力，都会在右手触摸后消失得无影无踪。
蓝灯戒指一一以希望驱动的神秘魔导科技，虽然有变身女孩子的缺点，却可以全面增强自身的各个方面，还能克服重力自由飞翔。
但是，这些这么棒的能力，却对写暑假作业没有任何帮助。
这下子真的糗大了……上条半认真地含泪心想。
只能说是屋漏偏逢连夜雨，早上去便利商店买罐装咖啡，却发现卖光了，路上又被蓝发耳环及土御门给缠上，之后更是卷入了某个绿背头炼金术师的阴谋中，真是祸不单行，暑假作业几乎没有实质上的进展。
宛如正在嘲笑着上条一般，在他那翻转的视线中，可以看见一个正猛盯着电视瞧的少女，以及一只坐在少女旁边，正将脸埋在洋芋片袋里张口大嚼的笨猫。
少女的名字叫茵蒂克丝(index)，据说是indexlibroumprohibtorum这个长得要命的名字的省略版。
少女有白皙肌肤、银色长发、绿色瞳孔等外国人的特征，而且身上还穿着纯白色的超华丽丝绸质料修道服，上面绣着西式红茶茶杯般的金丝刺绣，整个人独自散发出一股十九世纪维多利亚风的氛围。
其实上条也搞不懂什么叫维多利亚风，随便说说而已。
看少女的打扮就知道，她不是这个科学至上的学园都市居民，而且她的立场正好相反，是个由充满灵异的魔法世界来的人。
跟所谓的魔女……似乎有点不太一样，但麻烦程度恐怕有过之而无不及，因为她是世界上唯一一个靠‘某种方法’获得全世界所有魔法知识的人。
这个货真价实的魔法少女，如今正盯着电视猛点头，必须说明的是，现在电视画面正在热情上演的是魔法少女的动画(暑假重播版)。
“原来如此，这个超机动少女加奈美平常伪装成学生，难怪连罗马正教最引以为傲的魔女狩猎十字军也无法揪出她的小辫子，不过那个放出彩虹光芒的魔杖又是什么呢……啊！一定是将包含五人元素的第五咒术道具‘莲花杖’以现代材料重新创造出来的魔杖吧！嗯嗯，不愧是日本！好了不起的日本魔法！”
“我说啊，虽然我不会禁止你看电视或要求你不要说话，但至少你也把电视音量转小，说话的声音压低吧！对现在的我来说，一点点的分心都是致命伤！”
上条少年苦恼着握着笔，一副苦大仇深的模样盯着暑假作业，嘴里小声的抱怨着。
“什么嘛！”
茵蒂克丝不满地回头说道：“都是当麻不跟我玩，所以我才只好看电视。而且你之前跑到哪里去鬼混了?难道当麻你又死性不改，瞒着我偷偷跟魔法师战斗了?”
“啊……没有啦，别担心，别担心，这次绝对没有打架，我们可是用非常斯文的沟通方式来解决了问题，嗯，三泽塾的人可是很有绅士风度呢。”
“那当麻这次又是为哪个不幸少女挺身而出了?”
“别进入自己的世界啦！‘我打架……等于拯救不幸少女’这种公式是什么时候冒出来的?”
上条如此大吼，却见茵蒂克丝满脸疲惫之色，似乎看开了般叹了口气。
而就在这时，窗外的一道白光划破天际，上条少年若有所思的转过头，却突然发现自己莫名其妙的有一种错过了什么的感觉，但没等他细想，来自茵蒂克丝的骚扰已经再次来临。
“算了，过去的事情提出来讲也没意义，不过，当麻，我可是被忽视了一整天，只好躲进电视的世界来逃避现实哦。”
“好吧，那我们来玩写作业游戏，我负责数学你负责英文。”
“……我才不玩那么无聊的游戏，对了，当麻，谢谢你的漫画，我把向你借的漫画都放在那里了。”
“啊?等一下！我刚刚还在写的古文作业跑到哪里去了?”
“像这种时候，东西总是会在非常意外的地方找到哦。”
“别在旁边摆出一副温馨的笑容看热闹！拜托你快帮我一起找！”
上条的哀号声在盛夏的学生宿舍中回响着，以常理来判断，绝对还在这房间里面才对……但不知为何，上条却有一种再也无法与古文作业重逢的预感。
嘛……上条少年的不幸人生就这样再次展开了。
……
第七学区，圣弥赛亚大教堂。
“也就是说，在上条当麻子的帮助下，你们成功的将奥雷欧斯这家伙抓回来了，是吧！”
豪华的办公桌上，极具现代艺术感的工艺风车正在缓缓转动，而一位弱气的小修女正安静的给某人当着背景板，然后带着严厉的目光，某人，也就是肖白看向了办公桌前被他派往处理三泽塾事件的两位部下。
“是的，殿下，虽然过程很复杂，但结果还算令人满意！”
答话的是穿着性感牛仔裤的太刀少女神裂火织，而另一位与现代生活显得格格不入的高大魔法师史提尔则用很是复杂的目光正盯着他们带回来的罪魁祸首一一炼金术师奥雷欧斯。
此刻这位茵蒂克丝的上上任伙伴正垂头丧气的坐在地板上，满脸的不可置信，显然对自己的失败表示无法接受。
奥雷欧斯?伊萨德，原罗马正教的隐秘记录官，苏黎世学派的炼金术师，被称为魔法医生的帕拉塞尔苏斯的后裔，茵蒂克丝三年前的伙伴，皮肤非常白皙，染成绿色的头发梳成大背头，而绿色则是象征着他所掌控的五大元素之一‘土‘的颜色。
他曾相信自己所写的书可以拯救全世界的人，立下心愿要拯救全世界，所以他的魔法名是‘honos628(拉丁文:荣誉)‘，寄托意为‘我的名誉，为了世界而存在‘，而这位中二魔法师为拯救茵蒂克丝，背叛了罗马正教，舍弃自己的信仰，成为炼金术师，并潜入学园都市，然后被神裂火织、史提尔以及乱入的上条当麻子击败。
以上，便是在御坂美琴她们破坏‘绝对能力者试验’时，同时发生的事情。
“那么，谁能告诉我，这家伙又是怎么回事呢！”
肖白指了指房间里最后的一名少女，好奇地问道。
在肖白的办公桌前，
正坐着一名红白巫女，
巫女趴在桌上，睡着了。
亮丽的黑色长发，如同被冲上岸边的水母一样散开来，把巫女的脸整个遮住，巫女的年纪大概16岁左右，穿着最基本的红白巫女服装，配上及腰的长发，简直就是所有人刻板印象中的巫女模样。
虽然巫女正在睡觉，但却可以感受到她身上所散发出来，那种诉说着自己心灵受到创伤的气氛，属于日本人的洁白肌肤，在黑色瞳孔与头发下，显得更加醒目。
睡着的娇俏面容虽然缺乏感情，但是反过来说，也等于没有任何攻击性，可以让人感到很安心，可以说是一种奇妙的包容力。
总之，这是一位如同死去般完全不动的巫女。
然后，巫女的眼睛睁开了。
是的，她缓缓睁开眼睛，用让人难以理解的表情苦思着，眼神游移，让人搞不懂她在想啥，然后拾起头断断续续的说道：
“............肚子饿了.......”
“............美女.......”
“.请....看在美女的份上，给我汉堡。”
“...........”一一这是默默无语的肖白。
“...........”一一这是不知所措的小修女。
“...........”一一这是有所感触的神裂火织。
最后，未老先衰的高大魔法师史提尔沉默了许久，用如同从地狱发出来的声音挤出了一句话：
“............这是战利品.......”