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得到了夏干道馆的徽章后，小智一行人便踏上了新的旅途。小茂为他们定下的登陆点是金柑岛，金柑岛是橘子群岛中最有名的商业都市，而且以乘龙的速度和体力，完全可以到达那里进行调整。
小智他们当然是无条件的相信着小茂的，小智一行人就冲着金柑岛快速前进，当然几只水系小精灵还一场有活力的在掐架。小智那是一脸的羡慕，毕竟他和皮卡丘已经饿的前胸贴后背了。
看到小岛了，小智立马活力四射，小岛啊，有岛就有饭了啊！乘龙全速前进着，然而就在小智他们兴高采烈的奔着金柑岛而来的时候。金柑岛内，某个地下秘密基地里，一男一女正盯着小智一行人，笑的不怀好意，又有新的猎物了。
两人正是火箭队的干部，小三郎和亚马多。之前被小智他们丢到监狱里，要不是有老大的保释金，指不定他们要在监狱里蹲多久呢。这一次动手居然碰到他们，当真是冤家路窄。他们一定要将他们手中的小精灵都拿过来，以报他们上次蹲局子的仇。
要说小三郎和亚马多也真的是有些点背，平时做任务，那是一等一的稳妥，不然坂木也不会特意花钱去将这两人捞出来。但是遇到小智他们，就一定会遇到武藏和小次郎，遇到他们之后，就跟衰神附体一般。总是出错，本身就气场不和，这就导致亚马多和小三郎对小智他们的怨念，深沉到一定地步。
没多久，小智一行人就登岛了，将乘龙收回到精灵球内。正打算去找吃饭的地方，却听到不远处，有人喊着“别这样，雷电球。”“怎么了，小磁怪？”等话语。
转头便看到，臭臭泥和小磁怪正在攻击两个少年，小智当机立断让皮卡丘去救人。但皮卡丘刚踏入对方不远处的地方时，突然停了下来，小智急忙问道“皮卡丘，你怎么了？”
皮卡丘转过头，一脸凶恶的看着小智。皮卡丘从未用过这种眼神看过小智一行人，就在小智不理解皮卡丘怎么了的时候，波克比，伊布也受到了影响。
路卡利欧脑袋一晃，脚步就要往前踏。却被超梦拦住，衣服无风飘动着，路卡利欧因为超梦的帮助下，脱离了控制。
有超能力系的小精灵在暗处，控制它们。超梦本身就是超能力系和格斗系的结合体，在皮卡丘不对劲的瞬间就察觉到了这一点，但没打算动手。可当路卡利欧也被控制了，超梦觉得自己有些不爽，在它眼皮子底下控制路卡利欧？超梦冷哼一声，将事情告诉了小茂。
人类太多，它不好动手解除对方的念力。只能交给小茂，况且那被人控制的小精灵中，也还有他的小精灵在。路卡利欧被超梦拉到自己跟前，搂在怀里。因为不能暴露超梦的存在，还要保护路卡利欧不受控制。路卡利欧尴尬的被超梦抱在怀里，虽说晚上它们睡觉的时候，经常被超梦抱在怀里，但在这么多人情况下抱着，却是少数。
超梦搂着路卡利欧，突然觉得那个胆敢控制路卡利欧的小精灵，也没那么讨厌了。当然，死罪可免，活罪难逃。自己都没试图控制过路卡利欧，它算哪根葱？
小智试图去拉皮卡丘，去被皮卡丘以电击的方式警告着，不准上前。小智现在就跟锅上的蚂蚱一般，根本就冷静不下来。皮卡丘是他的初始小精灵，虽说听了小茂的话，将注意力放在其他小精灵身上一些，但皮卡丘对他来说是不一样的。
现在皮卡丘莫名其妙的，以这种凶狠的眼神看着他。小智慌了，慌到，想不出皮卡丘这样可能是发生了什么，只想询问皮卡丘，到底怎么了。
小茂听到路卡利欧和超梦的话，伸手拉住了小智的胳膊，将之拉回来。再怎么喊也没什么用，与其在这里喊，还不如去找主谋解除控制。
但小智现在的心思都在皮卡丘上，被小茂这一拽，立马就生气的喊了起来“小茂你干什么拉我，我要去找皮卡丘问个清楚。”
“冷静一下，它们明显就是被控制了。”小茂拽过小智，在小智耳边小声说道。但小智现在根本冷静不下来，还想大声询问小茂到底是怎么回事。
小茂见小智冷静不下来，为了避免小智一个冲动，在跟着皮卡丘它们去敌人大本营。还没找到对方，就先被皮卡丘伊布它们弄‘死’了。抬手就捂住小智的嘴巴，将小智揽在自己怀里，不撒手。
小霞和小健看着小精灵跟他们反目，小智和小茂还不知道什么情况的，就这么掐到一起了。瞬间就乱了起来，而被控制的皮卡丘、伊布还有波克比，见小智他们没追来，就离开了。
眼看着皮卡丘它们离开，小智拼命的挣扎，小茂被小智杵了两下，疼的呲牙却还是没松开。冷声喊道“你给我冷静一下，你到底还想不想救它们出来。”
小智瞪着眼，飞快的点着头，他当然想救皮卡丘它们，可不是你在拦着吗？！
小茂见小智能听进去话了，便继续开口道“超梦说，这座城市有超能力系的小精灵，使用能力控制着小精灵。路卡利欧险些中招，被超梦护住了。超梦虽然能抵挡住对方的控制，但它不可能在这么多人眼皮子底下出手。一旦出手它必定会暴露，所以只能靠我们自己去查。但我想，如果出了这种小精灵奇怪反目丢失案件，君莎小姐一定会出面的。我们可以去找君莎小姐询问一下详细情况，这样才方便我们找出最后的真凶。所以，你现在能冷静的，跟我去找君莎小姐，询问案件详情么？”
小智点了点头，即使再怎么火大，小智还是能听进去小茂的话的。所以，小茂说完到底是怎么一回事后，小智就冷静了下来，不闹着去追皮卡丘了。
小茂见小智冷静下来了，松开手。小智立马离开了小茂的怀里，看到小智那么快离开，小茂突然觉得自己亏了。这么好的机会，他居然，没多利用一会占便宜。不过这个想法也就是一闪而过，因为很快君莎就出现在他们面前。满是歉意的说道“我来迟了。”
小智他们急忙跑过去，还有那两个同样丢了小精灵的训练家也跑了过来，急忙跟君莎说明了案情。君莎为慌乱的训练家解释了一下，最近所发生的怪事。
最近小精灵都不知道怎么的，突然都不听训练家的话了。攻击人类的案件常常发生，她正在调查。就在君莎跟训练家说话时，一只鬼斯突然在君莎前面现身，顿时吓到了小智他们。
鬼斯看到小智他们吓了一跳，瞬间开心的笑了起来。君莎将鬼斯推到一旁，带着小智他们来到了警察局，因为鬼斯完全不受控制，君莎也有点怀疑，这是超能力小精灵作案。而小茂则是帮忙应证了这点。作为一个研究员，小精灵的事，虽然小茂现在不像是他爷爷，大木幸成那般的权威。但好歹拿出证据还是有人相信的，但问题又来了，知道是超能力系的小精灵搞鬼，他们要怎么去抓它呢？
小精灵不可能去做这种坏事，那么背后一定有人去指挥它，那么这个人的目的是什么呢？
就在小智他们这边排查超能力系的小精灵时，一直忠诚的，坠在他们身后的武藏等人，发现了皮卡丘的踪迹。急忙追了上去，然而追到一半时，喵喵也被控制了。武藏和小次郎赶紧跟在了喵喵身后。结果便来到了小三郎和亚马多的基地。
小三郎和亚马多在看到会说话的喵喵后，就觉得似乎有点不妙。而当看到武藏和小次郎后，这个不妙就化为了不爽。两边气哼哼的说着各自的出场台词，武藏和小次郎简直要气疯了。亚马多抄袭她的台词也就算了，居然还颇受老大的信任。
他们在局子中蹲着的时候，那回不是他们自己想办法逃出来的？什么时候老大出过钱？再者，亚马多居然说，他们被老大开除了，小次郎那个没骨气的居然去抱亚马多那家伙的大腿，询问自己到底有没有被开除。
武藏觉得自己都要被气死了，好在自己要砸了这里时，小次郎是站在自己这边的，不然连他一起打。
但就在小次郎和武藏叫出自己的小精灵时，亚马多和小三郎平静的叫出了被他们素利普。有着小象鼻的素利普头上顶着几根线路，脚下踩着一个机械台子，双手开始舞动起来，悠闲的跳起舞来。小次郎和武藏的小精灵在素利普的舞蹈下，纷纷被控制起来。
亚马多双手掐腰，笑着道“想用蛮力抢夺别人的小精灵，实在是太野蛮了。以后要以聪明的做法来征服世界才对。”
“这个装置是让素利普强大的催眠波增幅，利用圆盘天线扩散催眠波的。”小三郎好心的为武藏和小次郎解释了一下，他们聪明的，掠夺他人小精灵的方式。
解释完了，小三郎和亚马多控制着武藏和小次郎的小精灵，反击武藏和小次郎。看着小次郎和武藏被自己的小精灵，暴揍。心情顿时好了许多。
小三郎和亚马多将被小精灵打倒，陷入昏迷的武藏和小次郎丢出了他们基地。而昏倒的他们，则被寻找超能力系的小精灵的鬼斯发现，并由小智他们带回来。
武藏一睁眼就看到了鬼斯那个大大的黑脸，险些吓晕过去。好在是小智把鬼斯推到一边，武藏看到小智后，这才冷静下来。
君莎询问，武藏，城里这一连串的事，是不是他们火箭队在捣鬼。毕竟火箭队在他们警局内可都是挂了号的存在。
武藏不屑的表示，这种事怎么可能是他们做的。小智见少了喵喵，便询问喵喵怎么了。
小次郎坦白了，不光是喵喵，他们两个的小精灵都被人夺走了。
小茂心里暗想着当真是痛快人心，总是想着抢别人的小精灵，现在被人家抢了吧。这就叫，不是不报，而是时候未到。然而，火箭队的遭遇，也蛮让人心痛的，起码小智他们这群善良的孩子，就表示了同情。小茂…一丢丢同情吧。
路卡利欧和超梦都当不听到小茂当时的，那暗搓搓的想法。小次郎和武藏不打算把自己知道的真凶告诉下君莎他们，君莎和小智等人都在劝他们把所知道的告诉他们，人多力量大，他们完全可以一起合作将小精灵抢回来。
小智拦着火箭队不让走，低下头说着拜托的话语。小茂一点都不喜欢小智这样，开始思考让超梦和路卡利欧强行从火箭队的心里撬出他们想要的东西的可能性时。
然而火箭队还是被小智感化了，决定帮小智这个忙。是帮小鬼头，又不是警察，警察也只是顺带的而已。这般想着，两人便轻松多了。
火箭队带着小智他们来到小三郎和亚马多的基地旁，让小智他们进入到一个推车里，盖好布将他们全部遮挡住后，推着车来到了基地门前，笑的一脸灿烂的跟小三郎和亚马多打着招呼。
亚马多和小三郎实在是想不出，武藏和小次郎在被他们狠整了一顿之后，又来到他们面前刷存在感是为了什么。
结果武藏和小次郎异常的诚恳的表示，我们是来送东西的，为了洗心革面加入他们，带着礼物来找他们。说到这里，小次郎将布拉开，露出一大堆的精灵球。
看到这么多的精灵球，小三郎和亚马多都有点动心，便同意让武藏他们进来了。武藏和小次郎推着车来到了亚马多和小三郎的面前。
武藏和小次郎诚恳的举着小白旗，说他们输的心服口服，什么阴谋都没有。就是来诚心诚意送礼投降的，这礼物可要接好了。
说完就把车子用力一推，小智等人起身跳出了飞车。君莎指着小三郎和亚马多，英姿飒爽的说道“现在你们两个人，被逮捕了。”
“把我的皮卡丘还给我！”小智则是第一时间就要找皮卡丘。小茂却是无奈的扶额，他发现他就算是降低了一点皮卡丘的存在感，但以后还是要面临着这样的问题，是我重要还是皮卡丘重要？想想都心塞，小茂决定，一定要帮伊布把皮卡丘带离小智的视线。
小三郎和亚马多面对这么多人的讨伐，并不惊慌。毕竟他们有素利普还有素利普控制的，小精灵大军。亚马多当即就让素利普对小精灵下攻击命令，君莎也不慌，对鬼斯下命令。
要知道，鬼斯可是对超能力系的小精灵有着属性压制上的优势。鬼斯一点都不惧素利普的控制，勇往直前。
小茂看着鬼斯和素利普战斗的场面，不经想这要是超梦来的话，一下就搞定了。那还用这么费事，不过，火箭队还是尽早解决的好，超梦是步暗棋，现在最好别在火箭队面前晃悠，省的坂木来组队堵人。自己一会儿联系一下爷爷，看看有没有什么办法，打压一下火箭队。自己手上的资料还是尽早提交一下比较好，超梦弄来了很多资料，但想必火箭队也做了一部分措施，所以，能有用的资料还是要好好筛选一下了。
就在小茂有点走神的时候，小智冲着皮卡丘就去了，试图唤醒皮卡丘。小茂当时就觉得自己气不打一处来，你说你没有小精灵护航，你怎么就这么喜欢往危险的地方窜？
小茂当即跟了上去，死活拉着小智。小智和小茂在鬼斯的保护圈下扭打了起来，而知道小智执着皮卡丘。亚马多让素利普专心控制皮卡丘，既然有人想要被自己的小精灵打扁，她当然是难得好心的帮个忙咯。
小茂听到亚马多的命令，简直气的不行，怀里的人还非要奔着皮卡丘去。开玩笑，皮卡丘之前电人那是有分寸的，现在被控制了，谁知道电力会不会全力释放。就在这时，伊布总算是从素利普的控制中解脱出来。
费力的回头，张口便冲着台子释放了影子球。影子球打破了机器，素利普的控制被迫停了下来，小精灵们也恢复了清醒。伊布浑身是汗的趴在地上，皮卡丘看了看小智，又看了看脱力的伊布。
小智见皮卡丘恢复正常了，就不挣扎了。小茂瘫在小智身上，看来他要分出多一点时间用在锻炼身体上了。小智拼命的挣扎，险些没抱住他。
伊布恢复了点力气，就自己走了过来，小茂揉了揉伊布的脑袋，表扬道“做的不错。”
伊布轻哼一声，它有做过这个训练，自然在力量小的时候可以挣脱出来。不过它还是弱小了，它想进化。之前小茂曾经跟它说过，伊布因为基因的不稳定，将会进化成不同类型的小精灵。而沉着冷静的月精灵，是与它性格最相称的。
伊布决定，进化成月精灵。伊布指了指自己脖子上所带的不变石，它要在今天晚上进化。
小茂早就知道伊布的进化肯定是月精灵，月精灵的特殊特性是精神力，伊布的精神力明显很高。况且还有那些人故意的实验自后的成果，不过伊布对于进化并没有特别的执着，况且进化是很重要的事，小茂也就没催。现在伊布想通了，要进化了。小茂当然是支持的，晚上他将带着伊布去进行进化。
事情搞定了，小茂和小智从地上爬起来，带着众多被控制的小精灵开始逃走。被控制的小精灵掏出了基地，而小智和武藏他们则和亚马多他们进行最后的决战。
素利普很强，又会瞬间移动，基本上大家都抓不住它。素利普使用摇手指攻击，然而在伊布旁边呆着的波克比也笑着跟着挥指头。小茂拉住了又想往上冲的小智，指着波克比道“别冲动，波克比也使用了摇手指，两边都是未知的攻击。”
“波克比会攻击？”小智看着波克比开心的宛如配合素利普一般的摇着小短肢，这真的不是在助阵吗？
“它好歹也是小精灵，怎么不会攻击。”小茂瞥了一眼小智，小智就这么看了看素利普，又看了看波克比。倒是好奇，波克比能摇出怎样的绝招。
小智停下了攻击，被亚马多他们当做是怕了，更是猖狂起来。这时素利普的绝招已经快要挖成了，而波克比的绝招却已经使出来了。
波克比直接炸了小三郎和亚马多的塔，强大的冲击波，直接让小三郎和亚马多灰头土脸，被同样灰头土脸的君莎送上了警车。
事情解决了，小智他们便被去找住宿的地方，找到后，小智看着被伊布圈在怀里的波克比，又跟小霞他们说了，为什么自己被小茂拦下后，没有进行攻击。
在听到进行攻击的是波克比时，大家都是一副惊呆的表情，其中以小霞最为明显。因为作为一个看着波克比出壳长大的人，她居然完全的没有意识到，波克比它会攻击。还这么强。分分钟炸了一座塔啊！
小茂无奈的扶额，这群人是不是忘记了，波克比它其实是个小精灵来着？晚上出去打算找个月光充足的地方给伊布进化，结果半路上小智兴致勃勃的让波克比再摇个手指看看。
波克比听话的摇手指了，小茂想阻止也阻止不了了，结果摇出了影子球，炸的大家灰头土脸的。小茂为伊布选择的进化场所是港口，港口旁边的海滩，宽敞不说还没有什么遮挡的。特意找了个没有灯光干扰，人少的地方。
今天也算他们运气不错，月亮又圆又大，有没有云层遮挡，刚好可以让伊布充分的沐浴在月光下。小茂给伊布摘下不变石，伊布自发的跑到月亮下进行沐浴。小茂拿出设备，进行采集资料。
小智就看着伊布懒洋洋的趴在那里，皮卡丘和波克比在不远处看着伊布。小智凑到小茂身边问道“小茂，你确定伊布能进化成为你说的那个什么月精灵？这个进化要求实在是有点特别了一些吧？”
小健和小霞也想问小茂这点，但小茂是个研究员，应该是有把握做这种事的。但小智开口了，那就不介意他们‘偷听’吧？
“伊布的基因比较不稳定，这就导致了它非常容易受到影响而进化。就好比，伊布可以依靠火之石，水之石，雷之石而进化成，火精灵，水精灵还有雷精灵。这也就说明了，伊布的进化是多样的。我和伊布平时都是夜晚进行交流的，而且伊布本身很喜欢月光，我有搜集过，伊布沐浴在月光下的数据。经过这些猜想，我想，伊布可以在沐浴月光下，进行进化。不过，之前伊布一直不想进化，我也想让它好好考虑一下，自己的进化方向。这才给它带了不变石。”小茂为小智他们解惑道。
就在小智他们还在思考小茂所说的那段话的意思时，伊布进化了。当进化之光消失后，一只毛色漆黑，有着金色的花纹，花纹在月光下闪烁着微微的光芒。红色眼睛宛如红宝石一般，让人清楚的知道，它并不好惹。
“好漂亮。”小霞发出了感叹，虽然初见的时候，可能会很害怕，但仔细的去观察后，就会发现这只小精灵很漂亮，也很优雅。
“这就是小茂你说的月精灵？”小智满脸的好奇，这个进化条件真奇怪。
“恩，是月精灵。”小茂将月精灵叫过来，为它检查了一下身体，进化很顺利，毛色很是漂亮。虽然小茂很熟知月精灵的一些特性，但还是要通过仪器来告知月精灵，比如它兴奋的时候，。会从身上的毛孔中散发出混有毒素的汁液保护自己。为了防止误伤到人，要学会控制。
同时小茂还发现，月精灵的精神力似乎更高了。伊布进化成功了，自然他们就收拾东西回去了，波克比对于变了一种样子的‘爸爸’很是好奇，月精灵比起伊布时期的它更加的冷静了。所以，本来还敢闹腾的波克比，在月精灵旁边就变得格外的乖巧。
回到旅店内，小智和小霞还有奋笔疾书的小健，围着月精灵根本不打算离开。小茂也不去救月精灵，而是去找超梦和路卡利欧。小茂让超梦不用去找火箭队麻烦，超梦也不打算去动火箭队，因为最近火箭队到处在找它，虽然在暗处寻找没有到大张旗鼓的地步。
解决完超梦这里，小茂又联系了大木幸成，将月精灵进化的全过程发过去之后。再度提起了火箭队的嚣张姿态。
大木幸成也表示气愤不已，但上面的打压力度是有限的。毕竟火箭队上面有人，他们就算有什么动作也会被压下来。除非，他们能拿出彻底动摇火箭队根基的证据。但这种证据又怎么可能那么容易拿到手。
小茂也知道这点，想了下，把比较严重的几个证据，发给了大木幸成，大木幸成看到后，点了点头，虽然不能动摇火箭队的根基，但怎么也让对方不敢这样肆无忌惮。转身便去找自己的那些好友啊，认识的人啊，将东西发了过去。
小茂见自家爷爷去办事了，就挂断了电话，开始整理新课题。路卡利欧自然是跟着小茂一起研究课题的，超梦无聊，就出去了，结果被月精灵拦住了。两只小精灵进行了一场无声的交流后，一前一后的离开了旅店。
月精灵之所以找超梦，是因为它想联系一下，自己对控制的抗性。这世上有谁在超能力上比得过超梦？而超梦也想知道一下，进化成月精灵的伊布，现在有几斤几两。两只小精灵一拍即合，便自行找地方去进行训练了。
经过一晚上的调整后，小智他们向着下一个目的地前进着椪柑岛前进着。